Wilayah kerja WALHI Yogyakarta berbasiskan Kawasan yang merupakan salah satu mandat dalam menjalankan kerja-kerja advokasi lingkungan. Kawasan WALHI Yogyakarta terdiri dari kawasan Merapi, Menoreh, Perkotaan, Pesisir Selatan, dan Karst.
1. Kawasan Merapi
Gunung Merapi berada di empat (4) Kabupaten dan dua (2) Provinsi, yaitu Kabupaten Sleman di Provinsi DIY dan Kabupaten Magelang, Kabupaten Boyolali dan Kabupaten Klaten di Provinsi Jawa Tengah.
Advokasi yang dilakukan WALHI Yogyakarta salah satunya adalah penolakan penetapan kawasan Gunung Merapi menjadi Taman Nasional melalui SK Menhut No. 134 tahun 2004. WALHI Yogyakarta secara aktif bersama dengan anggota melakukan aksi dan advokasi penolakan penetapan kawasan Gunung Merapi sebagai Taman Nasional. Hal ini didasarkan pada tidak adanya transparansi dari pelaksanaan proyek tersebut, misalnya:
- Keluarnya SK Menhut Nomor 134 tahun 2004 yang tidak pernah melibatkan Pemkab Kabupaten, baik eksekutif dan legislatif beserta masyarakat lereng Merapi.
- Munculnnya Peta zonasi selama tiga (3) kali yang juga tidak melakukan koordinasi dan konsolidasi dengan publik, khususnya dengan masyarakat yang selama ini tinggal di sana.
- Penandatanganan Draf kesepakatan yang juga meninggalkan peran-peran Publik dalam hal ini adalah Legislatif Provinsi dan Kabupaten, begitu juga dengan masyarakat lereng Gunung Merapi.
Proses advokasi yang dilakukan saat ini adalah pengakuan wilayah kelola masyarakat oleh Kementerian Kehutanan melalui Balai Taman Nasional Gunung Merapi dengan sistem pengelolaan kawasan ada di tangan masyarakat.
Advokasi lainnya di kawasan ini adalah Tata Ruang wilayah pasca erupsi Gunung merapi 2010. Advokasi di latarbelakangi oleh rencana relokasi masyarakat lereng Gunung Merapi oleh pemerintah yang berada di wilayah rawan Bencana, penolakan terhadap rencana relokasi tersebut melalui konsep yang ditawarkan oleh masyarakat berupa Hidup Selaras Bersama Ancaman (HSBA).
2. Kawasan Menoreh
Pegunungan Menoreh merupakan kawasan yang secara administratif terletak di Kabupaten Magelang dan Kabupaten Purworejo, Jawa Tengah, dan Kabupaten Kulonprogo di Daerah Istimewa Yogyakarta. Kawasan Menoreh adalah daerah yang membentuk ekosistem yang khas yang menjadi sumber kehidupan makhluk hidup, di antaranya adalah manusia.
Kawasan ini merupakan kawasan karst yang rentan bencana dan sebagai penyangga benda cagar budaya, salah satunya, Candi Borobudur yang termasuk sebagai tujuh (7) keajaiban dunia.
Advokasi yang dilakukan WALHI Yogyakarta adalah penolakan pertambangan marmer oleh PT. Margola di Selorejo Ngargoretno Salaman Kabupaten Magelang, Provinsi Jawa Tengah. Penggusuran pemukiman penduduk ke wilayah rawan longsor, monopoli dan privatisasi sumber daya air, perubahan pola hidup dari pertanian menjadi buruh, pengangguran, hilangnya lokasi pariwisata yang dijadikan lokasi pertambangan, merupakan alasan mendasar bagi WALHI Yogyakarta bersama anggota untuk melakukan advokasi di kawasan ini. Secara aktif, WALHI Yogyakarta juga mendorong penegakkan hak-hak masyarakat dan peningkatan kesejahteraannya melalui pendampingan di sektor peternakan, pertanian, dan perkebunan.
3. Kawasan Perkotaan
Kota sebagai pusat pemerintahan dan aktivitas masyarakat yang sangat kompleks merupakan daerah dengan perubahan ekologi yang sangat cepat. Permasalahan yang ada merupakan akibat dari aktivitas masyarakat yang tinggi, sehingga perlu adanya rencana pengelolaan lingkungan kota yang berkelanjutan.
Permasalahan lingkungan perkotaan yang ada bermacam-macam, di antaranya masalah AMDAL (Analisis Mengenai Dampak Lingkungan), tata ruang, sampah, limbah dan transportasi. Advokasi yang aktif dilakukan WALHI Yogyakarta di kawasan ini adalah mendorong agar dokumen AMDAL dan tata ruang dijadikan sebagai dokumen perlindungan kawasan-kawasan kota, mendorong dan menekan pemerintah serta stakeholder untuk melakukan perubahan terhadap regulasi dan kebijakan yang terkait dengan penyadaran pemahaman pengelolaan sampah dari budaya dikumpulkan, diangkut dan dibuang ke TPA diganti dengan 4R (replace, reduce, re-use, recycling) yang terbukti mampu menangani permasalahan sampah secara mandiri, serta penanganan limbah, dan menata sistem transportasi.
4. Kawasan Pesisir Selatan
Kawasan pesisir selatan merupakan daerah pantai selatan dan gumuk pasir yang tersebar di tiga (3) kabupaten di Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta. Tiga Kabupaten itu adalah Kabupaten Gunungkidul, Kabupaten Bantul, dan Kabupaten Kulonprogo.
Advokasi di kawasan ini aktif dilakukan WALHI Yogyakarta dan Anggota berkaitan dengan telah dilaksanakannya rencana pembangunan Jalur Lintas Selatan, yang tentunya akan memberikan dampak ekologi yang sangat serius, seperti terkekangnya hak-hak rakyat atas tanah dan rumah mereka yang selama ini dijadikan tempat bernaung karena menjadi lokasi pembangunan Jalur Lintas Selatan. Belum lagi, dampak dari banyaknya kepentingan investor yang akan masuk untuk menguasai aset-aset sumber kehidupan jika Jalur Lintas Selatan telah selesai dibangun, misalnya, pemukiman mewah, pendirian bangunan-bangunan perusahaan besar maupun kecil, yang tentunya akan mengakibatkan semakin termarjinalkan posisi masyarakat sekitar atas akses sumber-sumber kehidupan yang ada dan rusaknya ekologi yang ada, di antaranya daerah karst dan gumuk pasir yang merupakan penyangga sumber-sumber kehidupan masyarakat.
5. KARST
Kawasan karst merupakan kawasan Pegunungan Sewu yang terletak di Kabupaten Gunungkidul dan Bantul, Daerah Istimewa Yogyakarta, dan Kabupaten Wonogiri, Jawa Tengah, dan Kabupaten Pacitan, Jawa Timur. Selain terdapat di wilayah tersebut, kawasan Karst juga terdapat di Kabupaten Kulon Progo dan Kabupaten Magelang. Isu yang menjadi Advokasi di kawasan Karst adalah tambang, pangan, air, dan tata ruang wilayah karst, khususnya Kawasan Bentang Alam Karst sebagai Kawasan Lindung Geologi.